Nicht nur Touristenflüge
Die Condor Flugdienst GmbH bediente seither nicht nur der Markt der Tourismusflüge in Destinationen wie Mallorca, Teneriffa oder Bangkok, sondern probierte sich auch an speziellen Strecken für Geschäftsreisende. Die zuerst ausgesuchte Strecke Düsseldorf-Greven-Hannover erwies sich als nicht wirtschaftlich und wurde daher nach einem Jahr eingestellt. Danach führte „Condor Executive“ ab 1967 erneut Businessflüge durch, die auch mit speziell geschultem Condor-Personal stattfanden. Ambulanzflüge für das Deutsche Rote Kreuz und den ADAC sowie Forschungsflüge zur Gewinnung von Luftproben für das Max-Planck-Institut gehören ebenso zum Portfolio der Airline.
Als erste Airline führte Condor 1991 eine Business Class ein, die den Namen „Condor Comfort Class“ trug. In den folgenden Jahren erweiterte die Fluglinie ihre Beteiligungen um Anteile an alpha Holding GmbH, Kreutzer Toursitik GmbH, Fischer Reisen GmbH, Öger Tours und Sunexpress.
Um 2002 änderte sich der Name der Fluggesellschaft von „Condor Flugdienst GmbH“ auf „Thomas Cook powered by Condor“. Dies wurde allerdings nach nur zwei Jahren wieder revidiert, da die Marke Thomas Cook bei den deutschsprachigen Passagieren zu unbekannt war und daher starke Einbußen bei den Passagierzahlen verzeichnet wurden.
Eine 2007 angedachte Fusion von Air Berlin und Thomas Cook wurde ein Jahr später aufgrund starker Bedenken des Bundeskartellamts und veränderter wirtschaftlicher Bedingungen zurückgezogen.
Im selben Jahr wurde eine abermalige Fusion, diesmal mit Germanwings und TUIfly versucht. Die Verhandlungen scheiterten aber erneut. Daraufhin wurde vonseiten Thomas Cook bekannt gegeben, dass es keine weiteren Versuche einer Fusionierung geben sollte.
Thomas Cook übernahm 2009 die restlichen 24,9 Prozentanteile der Condor von Lufthansa.
2012 verlegte die Fluglinie Condor ihren Hauptsitz von Kelsterbach nach Frankfurt, in den neuen Stadtteil Gateway Gardens am Frankfurter Flughafen.
Anfang 2013 wurde die 1998 gegründete Tochtergesellschaft Condor Berlin aufgelöst und zu 100 Prozent in die Condor Flugdienst GmbH integriert. Im selben Jahr legten Condor und Thomas Cook Airlines UK ihre Markenauftritte zusammen und treten seitdem in einem völlig neuen Corporate Design auf. Die Bemalung der Flotte ist in grau/weiß/gelb gehalten und weißt das typische „Sunny Heart“ auf.